Die Lignocellulose-Aufschlusslösung kann durch den Aufschlussprozess toxische Abbauprodukte wie Furfural oder Hydroxymethyl-Furfural enthalten, welche das Wachstum von Mikroorganismen beeinträchtigen können.
Für die Entfernung wachstumsinhibierender Stoffe wurde am Fraunhofer IGB ein Verfahren zur Detoxifizierung mit einer immobilisierten Laccase aus Trametes versicolor etabliert. Durch die laccasekatalysierte Polymerisierung und Ausfällung können störende Aromaten einfach über Filtration entfernt werden. Es wurde eine minimale Enzymkonzentration ermittelt, die für die Entfernung von mehr als 80 Prozent der aromatischen Substanzen aus der Lösung ausreicht. Die restlichen toxischen Substanzen können dann z. B. durch Adsorption an Trägermaterialien aus den Fraktionen entfernt werden.
Die hemizellulosereiche Aufschlusslösung kann anschließend in Fermentationen mit bestimmten Mikroorganismen verwendet werden. Dies ist ebenfalls Teil der Arbeiten am Fraunhofer IGB.