Bei der Free-Flow-Elektrophorese (FFE) erfolgt die Trennung ausschließlich aufgrund unterschiedlicher Ladung und Mobilität. Die zu separierenden Stoffe werden direkt in einen Pufferstrom gegeben, welcher laminar durch die Prozesskammer läuft. Durch das senkrecht zur Flussrichtung angelegte elektrische Feld werden die Ionen unterschiedlich abgelenkt und können in verschiedene Fraktionen separiert werden.