Algen weisen je nach Wachstumsbedingungen einen hohen Protein-, Kohlenhydrat- oder Lipidgehalt auf. Schnell wachsende Algen haben einen hohen Proteingehalt, der alle proteinogenen Aminosäuren enthält. Bei Wachstumslimitierung durch Stickstoff- oder Phosphatmangel und gleichzeitigem CO2- und Lichtangebot bilden viele Algen jedoch Kohlenhydrate oder Lipide als Speicherstoffe.
Algen können dabei Lipidgehalte von bis zu 70 Prozent und Stärkegehalte von bis zu 60 Prozent erreichen. Speicherlipide sind vor allem Triacylglyceride mit den Hauptfettsäuren C16:0, C16:1 und C18:1, welche vorwiegend als Kraftstoff – entweder durch die Gewinnung des Öls oder nach Umesterung als Biodiesel – von Interesse sind.
Stärke kann als Substrat für verschiedenste biotechnologische Prozesse zur Produktion von Kraftstoffen oder Basischemikalien genutzt werden. Für die Stärkeproduktion mit Mikroalgen wurde im IGB ein zweistufiger Prozess etabliert, ins Freiland übertragen und bis zur Pilotproduktion im kg-Maßstab weiterentwickelt.