In-vitro-Diagnostik

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Daran forschen wir

Das Innovationsfeld In-vitro-Diagnostik steht für die Etablierung, Entwicklung und Verwertung diagnostischer Verfahren für biologische und medizinische Anwendungsgebiete. Dabei werden innovative Verfahren der Molekularbiologie, Biochemie und der Bioinformatik entwickelt, kombiniert und angewendet.

Die Technologie der Hochdurchsatzsequenzierung von Nukleinsäuren (Next-Generation Sequencing, NGS) stellt dabei eine der zentralen Technologieplattformen innerhalb des Innovationsfelds dar. So nutzen wir NGS für die De-novo-Sequenzierung von Bakterien und Pilzen, Transkriptionsprofilanalysen, die Identifizierung relevanter Gene und das Screening nach Biomarkern für die (personalisierte) Diagnostik verschiedener klinischer Indikationen.

Dazu steht selbstverständlich die entsprechende Hardware-Infrastruktur zur automatisierten Probenaufarbeitung, zur Hochdurchsatzsequenzierung sowie zur bioinformatischen Analyse komplexer Datenmengen für Kooperations- und Verbundprojekte sowie für Forschungsaufträge industrieller Kunden zur Verfügung. Damit hat das Innovationsfeld die Möglichkeit, komplette Workflows von der Probe (Klinik, Umwelt, Biotechnologie etc.) über die molekularbiologische Analyse (Hochdurchsatzsequenzierung) bis hin zur bioinformatischen Auswertung aus einer Hand anbieten zu können.

Arbeitsgebiete und Technologien

NGS-basierte Diagnostik
Präzisionsdiagnostik und Biomarker
Microbiomics
Umweltgenomics
Bioinformatics

Angebot und Anwendungen

Next-Generation Diagnostics

Trotz guter medizinischer Standards gibt es bei vielen Erkrankungen bis zum heutigen Tag nur unzulängliche diagnostische Verfahren. Wir nutzen die Technologie des Next-Generation Sequencing, um neue Biomarker für eine verbesserte Diagnostik von beispielsweise Prostatakrebs, COPD oder Infektionserkrankungen zu identifizieren.

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Präzisionsdiagnostik mikrobieller Resistenzen und Umweltmonitoring der Resistenzentwicklung

Mikrobielle Resistenzen gegen Antibiotika sind ein weltweites Problem. Das Verfahren des Next Generation Sequencing eröffnet neue Möglichkeiten zur Resistenzerkennung wie auch zum Monitoring von Resistenzen aus einer Vielzahl an biologischen Proben.

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Genomics für die weiße und Umweltbiotechnologie

NGS-Genomanalysen setzen wir ebenfalls zur Charakterisierung von Mikroorganismen für die industrielle Biotechnologie ein. Darüber hinaus entwickeln wir Verfahren zur qualitativen und quantitativen Erfassung komplexer mikrobieller Metagenome und -transkriptome für die Umweltbiotechnologie.

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Leistungsangebot

In unserer Arbeitsgruppe haben wir einen dreistufigen Arbeitsprozess etabliert, der die Schritte der Probenaufbereitung und der Sequenzierung im Labor wie auch die abschließende, bioinformatische Analyse abdeckt.

Die mittlerweile sehr umfangreiche Auswahl an Probenaufbereitungsprotokollen und bioinformatischen Auswertungsstrategien erschließt uns dabei Anwendungsgebiete, die von Sequenzierungen des humanen Erbmaterials mit Fokus auf der Früherkennung von Tumorerkrankungen, über De-novo-Genom- und De-novo-Transkriptomsequenzierungen biotechnologisch relevanter Produktionsstämme oder humanpathogener Erreger bis hin zu detaillierten Bestimmungen komplexer Bakterienpopulationen in Biozönosen (Metagenome) reichen.

Ausstattung

QIAcube (Qiagen)

automatisierte Probenvorbereitung mit Qiagen Kits bis zu 12 Proben

Axio Observer.Z1 Mikroskop (Zeiss)

ApoTome
Fluoreszenzmikroskopie

BioAnalyzer 2100 (Agilent)

Qualitätskontrolle und Quantifizierung von RNA und DNA

Biomek Fx (Beckman Coulter)

flexibel programmierbare Protokolle

GS Junior (Roche)

Pyrosequenzierung mit langen Leselängen von bis zu 700 bp

HiSeq2500 (Illumina)

Hochdurchsatzsequenzierung im High-Throughput oder Rapid Mode vielfältige Kits zur Probenvorbereitung je nach Fragestellung

HPC

High-Performance Rechencluster mit vier Recheneinheiten (100 CPUs, 770GB RAM)
Backup über on-site Tape-Library

Etablierte NGS-Technologien am Fraunhofer IGB

DNA/RNA-Extraktionen aus verschiedensten Materialien etabliert
- Pilze und Bakterien aus Reinkultur oder Biozönosen
- Tierisches und pflanzliches Gewebe (auch FFPE)
- Blut-, Stuhl- und Umweltproben

Umfassendes Repertoire an spezifischen Protokollen verfügbar
- DNA-Seq: Whole Genome Shotgun (WGS), 165 Amplikons, Enrichments
- RNA-Seq: polyA+, small RNA, ncRNA, Strangspezifität, rRNA- und/oder Globin-Abreicherungen
- Automatisierung am Biomek FX

Sequenzierung Illumina NextSeq 2000	Max. Leselänge	Reads/ Flowcell	Kapazität/ Flowcell	Vorteile
High output run mode	2x150 Basen	1,1 Mrd	330 GB	vielfältig einsetzbar, hoher Durchsatz
Rapid run mode	2x150 Basen	400 Mio	120 GB	schnelle Daten- lieferzeiten

Publikationen

Infomaterialien

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Wissenschaftliche Publikationen

Jahr Year	Titel/Autor:in Title/Author	Publikationstyp Publication Type
2024	A novel approach for in vivo DNA footprinting using short double-stranded cell-free DNA from plasma Müller, Jan; Hartwig, Christina; Sonntag, Mirko; Bitzer, Lisa; Adelmann, Christopher; Vainshtein, Yevhen; Glanz, Karolina; Decker, Sebastian O.; Brenner, Thorsten; Weber, Georg F.; Haeseler, Arndt von; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2024	Suppression PCR-Based Selective Enrichment Sequencing for Pathogen and Antimicrobial Resistance Detection on Cell-Free DNA in Sepsis - A Targeted, Blood Culture-Independent Approach for Rapid Pathogen and Resistance Diagnostics in Septic Patients Sonntag, Mirko; Elgeti, Vanessa Kimberly; Vainshtein, Yevhen; Jenner, Lucca; Müller, Jan; Brenner, Thorsten; Decker, Sebastian; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2024	Discrimination of pancreato-biliary cancer and pancreatitis patients by non-invasive liquid biopsy Hartwig, Christina; Müller, Jan; Klett, Hagen; Kouhestani, Dina; Mittelstädt, Anke; Anthuber, Anna; David, Paul; Brunner, Maximilian; Jacobsen, Anne; Glanz, Karolina; Swierzy, Izabela; Roßdeutsch, Lotta; Klösch, Bettina; Grützmann, Robert; Wittenberger, Timo; Sohn, Kai; Weber, Georg F.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2024	Rich microbial and depolymerising diversity in Antarctic krill gut Möller, Lars; Vainshtein, Yevhen; Meyer, Bettina; Neidhardt, John; Eren, A. Murat; Sohn, Kai; Rabus, Ralf	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2024	Draft genome sequence of furan-degrading Rhodococcus erythropolis strain FUR100 Helbich, Steffen; Woiski, Christine; Dobslaw, Daniel; Gerl, Thomas; Vainshtein, Yevhen; Sohn, Kai; Engesser, Karl Heinrich	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2024	Homeostatic T helper 17 cell responses triggered by complex microbiota are maintained in ex vivo intestinal tissue slices Beneke, Valerie; Grieger, Klaudia Maria; Hartwig, Christina; Müller, Jan; Sohn, Kai; Blaudszun, André-René; Hilger, Nadja; Schaudien, Dirk; Fricke, Stephan; Braun, Armin; Sewald, Katherina; Hesse, Christina	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2023	Identification of two early blood biomarkers ACHE and CLEC12A for improved risk stratification of critically ill COVID-19 patients Kattner, Simone; Müller, Jan; Glanz, Karolina; Manoochehri, Mehdi; Sylvester, Caroline Hannelore; Vainshtein, Yevhen; Berger, Marc Moritz; Brenner, Thorsten; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2023	IL-3 orchestrates ulcerative colitis pathogenesis by controlling the development and the recruitment of splenic reservoir neutrophils Bénard, Alan; Mittelstädt, Anke; Klösch, Bettina; Glanz, Karolina; Müller, Jan; Schoen, Janina; Nüse, Björn; Brunner, Maximilian; Naschberger, Elisabeth; Stürzl, Michael; Mattner, Jochen; Muñoz, L. E.; Sohn, Kai; Grützmann, Robert; Weber, Georg Ferdinand	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2023	The 2‐methylpropene degradation pathway in Mycobacteriaceae family strains Helbich, Steffen; Barrantes, Israel; Anjos Borges, Luiz Gustavo dos; Pieper, Dietmar H.; Vainshtein, Yevhen; Sohn, Kai; Engesser, Karl‐Heinrich	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2023	Current Applications of Liquid Biopsy in Gastrointestinal Cancer Disease - from Early Cancer Detection to Individualized Cancer Treatment David, Paul; Mittelstädt, Anke; Kouhestani, Dina; Anthuber, Anna; Kahlert, Christoph; Sohn, Kai; Weber, Georg Ferdinand	Review
2023	From Gut to Blood: Spatial and Temporal Pathobiome Dynamics during Acute Abdominal Murine Sepsis Hartwig, Christina; Drechsler, Susanne; Vainshtein, Yevhen; Maneth, Madeline; Schmitt, Theresa; Ehling-Schulz, Monika; Osuchowski, Marcin Filip; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2022	Transcriptome-proteome compendium of the Antarctic krill (Euphausia superba) Möller, L.; Vainstein, Yevhen; Wöhlbrand, L.; Dörries, M.; Meyer, B.; Sohn, Kai; Rabus, R.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2021	Presence of viremia during febrile neutropenic episodes in patients undergoing chemotherapy for malignant neoplasms Obrová, K.; Grumaz, Silke; Remely, M.; Czurda, S.; Krickl, I.; Herndlhofer, S.; Gleixner, K.V.; Sperr, W.R.; Größlinger, L.; Frank, T.; Andrade, N.; Egger-Matiqi, T.; Peters, C.; Engstler, G.; Dworzak, M.; Attarbaschi, A.; Grotel, M. van; Heuvel-Eibrink, M.M. van den; Moiseev, I.S.; Rogacheva, Y.; Zubarovskaya, L.; Zubarovskaya, N.; Pichler, H.; Lawitschka, A.; Koller, E.; Keil, F.; Valent, P.; Sohn, K.; Lion, T.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2021	Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in pediatric sepsis Schmoch, T.; Westhoff, J.H.; Decker, S.O.; Skarabis, A.; Hoffmann, G.F.; Dohna-Schwake, C.; Felderhoff-Müser, U.; Skolik, C.; Feisst, M.; Klose, C.; Bruckner, T.; Luntz, S.; Weigand, M.A.; Sohn, K.; Brenner, T.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2020	Draft Genome Sequence of Andreprevotia sp. Strain IGB-42, a Chitinolytic Bacterium Isolated from a Soil Sample of an Anthill in Stuttgart, Germany Vainshtein, Y.; Werner, Nicole; Kirstahler, Philipp; Glanz, K.; Grumaz, Christian; Hahn, T.; Zibek, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2020	Rapid Next-Generation Sequencing - Based Diagnostics of Bacteremia in Septic Patients Grumaz, Christian; Hoffmann, A.; Vainshtein, Y.; Kopp, M.; Grumaz, Silke; Stevens, Philip; Decker, S.O.; Weigand, M.A.; Hofer, S.; Brenner, T.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2019	New approaches for the detection of invasive fungal diseases in patients following liver transplantation - results of an observational clinical pilot study Decker, Sebastian O.; Krüger, Albert; Wilk, Henryk; Grumaz, Silke; Vainshtein, Yevhen; Schmitt, Felix C.F.; Uhle, Florian; Bruckner, Thomas; Zimmermann, Stefan; Mehrabi, Arianeb; Mieth, Markus; Weiss, Karl Heinz; Weigand, Markus A.; Hofer, Stefan; Sohn, Kai; Brenner, Thorsten	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2019	Obstructed defecation - an enteric neuropathy? An exploratory study of patient samples Kim, M.; Rosenbaum, C.; Schlegel, N.; Grumaz, Christian; Sohn, K.; Isbert, C.; Walles, Heike; Metzger, M.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2019	Stable Redox-Cycling Nitroxide Tempol Has Antifungal and Immune-Modulatory Properties Hosseinzadeh, A.; Stylianou, M.; Lopes, J.P.; Müller, D.C.; Häggman, A.; Holmberg, S.; Grumaz, Christian; Johansson, A.; Sohn, K.; Dieterich, C.; Urban, C.F.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2019	Enhanced performance of next-generation sequencing diagnostics compared with standard of care microbiological diagnostics in patients suffering from septic shock Grumaz, Silke; Grumaz, Christian; Vainshtein, Yevhen; Stevens, Philip; Glanz, Karolina; Decker, Sebastian O.; Hofer, Stefan; Weigand, Markus A.; Brenner, Thorsten; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2018	Microbiome dynamics and adaptation of expression signatures during methane production failure and process recovery Grohmann, Anja; Fehrmann, S.; Vainshtein, Y.; Haag, N.L.; Wiese, F.; Stevens, Philip; Naegele, H.-J.; Oechsner, H.; Hartsch, T.; Sohn, K.; Grumaz, Christian	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2018	Localization and functional characterization of the pathogenesis-related proteins Rbe1p and Rbt4p in Candida albicans Bantel, Y.; Darwiche, Rabih; Rupp, Steffen; Schneiter, Roger; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2018	A novel cytochrome P450 mono-oxygenase from Streptomyces platensis resembles activities of human drug metabolizing P450s Worsch, Anne; Eggimann, Fabian K.; Girhard, Marco; Bühler, Clemens J. von; Tieves, Florian; Czaja, Rico; Vogel, Andreas; Grumaz, Christian; Sohn, Kai; Lütz, Stephan; Kittelmann, Matthas; Urlacher, Vlada B.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2018	Genetic repertoires of anaerobic microbiomes driving generation of biogas Grohmann, Anja; Vainshtein, Yevhen; Euchner, Ellen; Grumaz, Christian; Bryniok, Dieter; Rabus, Ralf; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2018	Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in sepsis (Next GeneSiS-Trial): Study protocol of a prospective, observational, noninterventional, multicenter, clinical trial Brenner, Thorsten; Decker, Sebastian O.; Grumaz, Silke; Stevens, Philip; Bruckner, Thomas; Schmoch, Thomas; Pletz, Mathias W.; Bracht, Hendrik; Hofer, Stefan; Marx, Gernot; Weigand, Markus A.; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	Immune cell-supplemented human skin model for studying fungal infections Kühbacher, Andreas; Sohn, Kai; Burger-Kentischer, Anke; Rupp, Steffen	Aufsatz in Buch Book Article
2017	Immune-response patterns and next generation sequencing diagnostics for the detection of mycoses in patients with septic shock - results of a combined clinical and experimental investigation Decker, S.O.; Sigl, A.; Grumaz, Christian; Stevens, Philip; Vainshtein, Y.; Zimmermann, S.; Weigand, M.A.; Hofer, S.; Sohn, K.; Brenner, T.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	Correction to: Dual transcriptome of the immediate neutrophil and Candida albicans interplay Niemiec, M.J.; Grumaz, Christian; Ermert, D.; Desel, C.; Shankar, M.; Lopes, J.P.; Mills, I.G.; Stevens, Philip; Sohn, K.; Urban, C.F.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	Draft genome sequence of Pseudonocardia autotrophica strain DSM 43083, an efficient producer of peroxidases for lignin modification Grumaz, Christian; Rais, Dominik; Kirstahler, Philipp; Vainshtein, Yevhen; Rupp, Steffen; Zibek, Susanne; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	The molecular blueprint of a fungus by next-generation sequencing (NGS) Grumaz, Christian; Kirstahler, Philipp; Sohn, Kai	Aufsatz in Buch Book Article
2017	Method and device for nucleic acid based diagnostic approaches including the determination of a deviant condition, especially a health condition and/or pathogenic condition of a sample Stevens, Philip; Sohn, Kai; Grumaz, Silke; Haeseler, Arndt von	Patent
2017	Central role for dermal fibroblasts in skin model protection against Candida albicans Kühbacher, Andreas; Henkel, H.; Stevens, Philip; Grumaz, Christian; Finkelmeier, D.; Burger-Kentischer, A.; Sohn, K.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	Antifungal defense of probiotic Lactobacillus rhamnosus GG is mediated by blocking adhesion and nutrient depletion Mailänder-Sánchez, D.; Braunsdorf, C.; Grumaz, Christian; Müller, C.; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Wagener, J.; Hebecker, B.; Hube, B.; Bracher, F.; Sohn, K.; Schaller, M.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	Dual transcriptome of the immediate neutrophil and Candida albicans interplay Niemiec, M.J.; Grumaz, Christian; Ermert, D.; Desel, C.; Shankar, M.; Lopes, J.P.; Mills, I.G.; Stevens, Philip; Sohn, K.; Urban, C.F.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2017	Draft genome sequences of three Actinobacteria strains presenting new candidate organisms with high potentials for specific P450 cytochromes Grumaz, Christian; Vainshtein, Y.; Kirstahler, Philipp; Luetz, S.; Kittelmann, M.; Schroer, K.; Eggimann, F.K.; Czaja, R.; Vogel, A.; Hilberath, T.; Worsch, A.; Girhard, M.; Urlacher, V.B.; Sandberg, M.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2016	A method to identify protein antigens of Dermanyssus gallinae for the protection of birds from poultry mites Makert, Gustavo R.; Vorbrüggen, Susanne; Krautwald-Junghanns, Maria-Elisabeth; Voss, Matthias; Sohn, Kai; Buschmann, Tilo; Ulbert, Sebastian	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2016	Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in septic patients Grumaz, Silke; Stevens, Philip; Grumaz, Christian; Decker, Sebastian O.; Weigand, Markus A.; Hofer, Stefan; Brenner, Thorsten; Haeseler, Arndt von; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2016	Transcriptomics and physiological analyses reveal co-ordinated alteration of metabolic pathways in Jatropha curcas drought tolerance Sapeta, Helena; Lourenco, Tiago; Lorenz, Stefan; Grumaz, Christian; Kirstahler, Philipp; Barros, Pedro M.; Costa, Joaquim Miguel; Sohn, Kai; Oliveira, M. Margarida	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2016	Advanced green biorefining: Effects of ensiling treatments on lactic acid production, microbial activity and supplementary methane formation of grass and rye Haag, Nicola Leonard; Grumaz, Christian; Wiese, Franziska; Kirstahler, Philipp; Merkle, Wolfgang; Nägele, Hans-Joachim; Sohn, Kai; Jungbluth, Thomas; Oechsner, Hans	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2015	Transcriptomic profiling of Pseudozyma aphidis during mannosylerythritol lipid synthesis Günther, Michael; Grumaz, Christian; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Lindemann, Elena; Hirth, Thomas; Sohn, Kai; Zibek, Susanne; Rupp, Steffen	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2015	The transcriptomic profile of Pseudozyma aphidis during production of mannosylerythritol lipids Günther, Michael; Grumaz, Christian; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Lindemann, Elena; Hirth, Thomas; Sohn, K.; Zibek, S.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2015	Draft genome sequence of Amantichitinum ursilacus IGB-41, a new chitin-degrading bacterium Kirstahler, Philipp; Günther, Michael; Grumaz, Christian; Lindemann, Elena; Rupp, Steffen; Zibek, Susanne; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2015	Anaerobe Batch-Fermentation mit Mais- und Amaranthsilagen: Biogasproduktion und molekulare Charakterisierung mikrobieller Gemeinschaften Kempter-Regel, Brigitte; Grumaz, Christian; Wiese, Franziska; Scherge, Katharina; Birk, Carolin; Schließmann, Ursula; Stevens, Philip; Sohn, Kai; Bryniok, Dieter	Konferenzbeitrag Conference Paper
2015	Stoffwechselanalysen in komplexen mikrobiellen Biozönosen Stevens, Philip; Grumaz, Christian; Wiese, F.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2014	An in vivo photo-cross-linking approach reveals a homodimerization domain of Aha1 in S. cerevisiae Berg, M.; Michalowski, A.; Palzer, Silke; Rupp, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2014	Genome sequence of the basidiomycetous fungus Pseudozyma aphidis DSM70725, an efficient producer of biosurfactant mannosylerythritol lipids Lorenz, Stefan; Günther, Michael; Grumaz, Christian; Rupp, Steffen; Zibek, Susanne; Sohn, Kai	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2013	A family of secreted pathogenesis-related proteins in Candida albicans Röhm, M.; Lindemann, Elena; Hiller, Ekkehard; Ermert, D.; Lemuth, Karin; Trkulja, D.; Sogukpinar, O.; Brunner, H.; Rupp, S.; Urban, C.F.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2013	An expanded genetic code in Candida albicans to study protein-protein interactions in vivo Palzer, Silke; Bantel, Y.; Kazenwadel, F.; Berg, M.; Rupp, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2013	Species and condition specific adaptation of the transcriptional landscapes in Candida albicans and Candida dubliniensis Grumaz, Christian; Lorenz, Stefan; Stevens, Philip; Lindemann, Elena; Schock, U.; Retey, J.; Rupp, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2013	Metatranscriptome analysis reveals new insights in probiotic/host/Candida interaction in oral Candidiasis Mailander-Sanchez, D.; Wagener, J.; Braunsdorf, C.; Grumaz, Christian; Lorenz, S.; Sohn, K.; Schaller, M.	Konferenzbeitrag Conference Paper
2013	Characterization of the protective and immunregulatory activity of probiotic lactobacilli in mucosal Candidiasis Mailander-Sanchez, D.; Wagener, J.; Braunsdorf, C.; Grumaz, Christian; Lorenz, S.; Sohn, K.; Wehkamp, J.; Schaller, M.	Konferenzbeitrag Conference Paper
2012	Differential metatranscriptomic profiling during Candida infections Grumaz, Christian; Hoffmann, H.; Lorenz, Stefan; Lindemann, Elena; Stevens, Philip; Rupp, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2012	Highly-integrated lab-on-chip system for point-of-care multiparameter analysis Schumacher, Soeren; Nestler, Jörg; Otto, Thomas; Wegener, Michael; Ehrentreich-Förster, Eva; Michel, Dirk; Wunderlich, Kai; Palzer, Silke; Sohn, Kai; Weber, Achim; Burgard, Matthias; Grzesiak, Andrzej; Teichert, Andreas; Brandenburg, Albrecht; Koger, Birgit; Albers, Jörg; Nebling, Eric; Bier, Frank F.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2012	An expanded genetic code in Candida albicans to study molecular interactions in vivo Palzer, Silke; Bantel, Y.; Kazenwadel, F.; Berg, M.; Rupp, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2011	Adaptation, adhesion and invasion during interaction of Candida albicans with the host. Focus on the function of cell wall proteins Hiller, Ekkehard; Zavrel, M.; Hauser, N.C.; Sohn, K.; Burger-Kentischer, A.; Lemuth, Karin; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2010	A multidimensional electrophoretic system of separation for the analysis of gene expression (MESSAGE) Lindemann, Elena; Rohde, B.; Rupp, S.; Regenbogen, J.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2009	Characterization of genes encoding for cell surface proteins induced during hostpathogen interaction Zavrel, M.; Hernandez, R.; Sohn, K.; Hauser, N.; Rupp, S.	Konferenzbeitrag Conference Paper
2009	Host-pathogen interactions	Sammelband Anthology
2009	Human epithelial model systems for the study of Candida infections in vitro. Pt.I: Adhesion to epithelial models Sohn, K.; Rupp, S.	Aufsatz in Buch Book Article
2008	Organotypical tissue cultures from adult murine colon as an in vitro model of intestinal mucosa Bareiss, P.M.; Metzger, M.; Sohn, K.; Rupp, S.; Frick, J.S.; Autenrieth, I.B.; Lang, F.; Schwarz, H.; Skutella, T.; Just, L.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2007	A novel conserved nuclear localization signal is recognized by a group of yeast importins Fries, T.; Betz, C.; Sohn, K.; Caesar, S.; Schlenstedt, G.; Bailer, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2006	Getting in touch with Candida albicans: The cell wall of a fungal pathogen Sohn, K.; Schwenk, J.; Urban, C.F.; Lechner, J.; Schweikert, M.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2006	An in vitro assay to study the transcriptional response during adherence of Candida albicans to different human epithelia Sohn, K.; Senyürek, I.; Fertey, J.; Königsdorfer, A.; Joffroy, C.; Hauser, N.C.; Zelt, G.; Brunner, H.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2006	Verbessertes elektrophoretisches Trennverfahren fuer die Analyse der Genexpression Sohn, Kai; Rupp, S.	Patent
2006	Controlled cell attachment, using plasma deposited polymer microstructures: A novel study of cells-substrate interactions Sciarratta, V.; Sohn, K.; Burger-Kentischer, A.; Brunner, H.; Oehr, Christian	Aufsatz in Buch Book Article
2006	Universelles Verfahren für die Genexpressionsanalyse Lindemann, Elena; Rupp, S.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2005	Thioredoxin-Peroxidase von C. albicans als virulenzspezifischer Marker Urban, C.; Sohn, Kai; Brunner, H.; Rupp, S.	Patent
2005	The moonlighting protein Tsa1p is implicated in oxidative stress response and in cell wall biogenesis in Candida albicans Urban, C.F.; Sohn, K.; Schröppel, K.; Brunner, H.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2005	Identification and Characterization of Cor33p, a novel protein implicated in tolerance towards oxidative stress in Candida albicans Sohn, K.; Röhm, M.; Urban, C.F.; Saunders, N.; Rothenstein, D.; Lottspeich, F.; Schröppel, K.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2005	Identification of covalently-linked proteins in the cell wall of C. albicans Hiller, E.; Sohn, K.; Urban, Constantin; Gnau, V.; Nordheim, A.; Brunner, H.; Rupp, S.	Konferenzbeitrag Conference Paper
2005	The transcriptional response in C. albicans during adhesion to mammalian epithelia Sohn, K.; Senyürek, I.; Hauser, N.; Zelt, G.; Brunner, H.; Rupp, S.	Konferenzbeitrag Conference Paper
2004	RBR1, a novel pH-regulated cell wall gene of Candida albicans, is repressed by RIM101 and activated by NRG1 Lotz, H.; Sohn, K.; Brunner, H.; Mühlschlegel, F.A.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2003	Biochips mit Dimorphismus-spezifischen Faktoren aus Candida albicans Sohn, Kai; Rupp, S.; Brunner, H.	Patent
2003	Identification of cell surface determinants in Candida albicans Urban, C.F.; Sohn, K.; Lottspeich, F.; Schweikert, M.; Brunner, H.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2003	Identification of cell surface determinants in Candida albicans reveals Tsa1p, a protein differentially localized in the cell Urban, C.F.; Sohn, K.; Lottspeich, F.; Brunner, H.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2003	EFG1 is a major regulator of cell wall dynamics in Candida albicans as revealed by DNA microarrays Sohn, K.; Urban, C.F.; Brunner, H.; Rupp, S.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2001	Regulation of cell wall dynamics in Candida albicans by CPH1 and EFG1, two transcription factors essential for virulence Sohn, Kai; Urban, Constantin; Brunner, Herwig; Rupp, Steffen	Konferenzbeitrag Conference Paper
2001	Hyphenspezifische Faktoren aus Candida albicans Rupp, S.; Johannes, F.; Sohn, Kai	Patent
2000	Localization and topology of ratp28, a member of a novel family of putative steroid-binding proteins Nölte, I.; Jeckel, D.; Wieland, F.T.; Sohn, K.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article
2000	A microarray enzyme-linked immunosorbent assay for autoimmune diagnostics Joos, T.O.; Schrenk, M.; Hopfl, P.; Kroger, K.; Chowdhury, U.; Stoll, D.; Schnorer, D.; Durr, M.; Herick, K.; Rupp, S.; Sohn, K.; Hammerle, H.	Zeitschriftenaufsatz Journal Article

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Next-Generation Diagnostics

Präzisionsdiagnostik mikrobieller Resistenzen und Umweltmonitoring der Resistenzentwicklung

Genomics für die weiße und Umweltbiotechnologie

Leistungsangebot

Leistungsangebot

Von der Probe bis zur vollständigen Analyse

Angebot

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Ausstattung

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HiSeq2500 (Illumina)

HPC

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Dr. Kai Sohn